- Eestis ei ole muuseumide registrit ning muuseumitegevus ei vaja eraldi tegevusluba. Vastavust muuseumiseaduses toodud „muuseumi“ definitsioonile hinnatakse siis, kui muuseum soovib saada riigilt tegevus- või projektitoetust või liituda muuseumide infosüsteemiga MuIS.
- Statistikaameti 2023. aasta küsimustiku puhul täpsustati muuseumi määratlust ning osa asutustest liikus teaduskeskuse või ekspositsiooni kategooriasse, kuhu lisandus ka varem valimisse mitte kuulunud asutusi.
- Teaduskeskus on teadust ja/või tehnoloogiat populariseeriv asutus, mis pakub külastajatele eelkõige käed-külge eksponaatide ja muude interaktiivsete laheduste abil elamusi ja õpet. Teaduskeskusel ei ole muuseumikogu ja selle põhieesmärk ei ole kultuuripärandi kogumine ja säilitamine.
- Ekspositsiooniks loetakse muuseumituba, hobimuuseumi, vanavarakogu ja erakollektsiooni, mis on külastajatele avatud, kuid mis ei tegutse muuseumiseaduse kohaselt. Üldjuhul korraldatakse tegevust ühiskondlikel alustel, ei tehta uurimistööd ning eksponaadid ei ole museaalina arvele võetud ega dokumenteeritud.
Kultuuriministeeriumi valitsemisalas:
Kaitseministeeriumi valitsemisalas:
Kliimaministeeriumi valitsemisalas:
Siseministeeriumi valitsemisalas:
- SA A. H. Tammsaare Muuseum Vargamäel (endise Järvamaa Muuseumi alakogu)
- SA Ajakeskus Wittenstein (endise Järvamaa Muuseumi kogu)
- SA Eesti Ajaloomuuseum (endise Eesti Ajaloomuuseumi kogu ja endise Eesti Teatri- ja Muusikamuuseumi kogu)
- SA Eesti Tervishoiu Muuseum (endise Eesti Tervishoiu Muuseumi kogu)
- SA Eesti Vabaõhumuuseum (endise Eesti Vabaõhumuuseumi kogu)
- SA Haapsalu ja Läänemaa Muuseumid (endise Läänemaa Muuseumi kogu)
- SA Juuru ja Hageri Kihelkonna Muuseumid (endise Mahtra Talurahvamuuseumi kogu)
- SA Virumaa Muuseumid (endise Rakvere Muuseumi kogu)
- SA Hiiumaa Muuseumid (endise Hiiumaa Muuseumi kogu)
- SA Pärnu Muuseum (endise Pärnu Muuseumi kogu)
- SA Eesti Kunstimuuseum (endise Eesti Kunstimuuseumi kogu)
- SA Eesti Spordi- ja Olümpiamuuseum (endise Eesti Spordimuuseumi kogu)
- SA Eesti Meremuuseum (endise Eesti Meremuuseumi kogu)
- SA Saaremaa Muuseum (endise Saaremaa Muuseumi kogu)
- SA Eesti Maaelumuuseumid (endised Eesti Põllumajandusmuuseumi ja Carl Robert Jakobsoni Talumuuseumi kogud)
- SA Eesti Piimandusmuuseum (endine Eesti Piimandusmuuseumi kogu)
-
Harjumaa Muuseum (riigile kuuluv arheoloogiakogu)
-
SA Rannarootsi Muuseum (endise Rannarootsi Muuseumi kogu)
-
SA Tartu Kunstimuuseum (endise Tartu Kunstimuuseumi kogu)
-
SA Eesti Tarbekunsti- ja Disainimuuseum (endise Eesti Tarbekunsti- ja Disainimuuseumi kogu)
-
SA Eesti Arhitektuurimuuseum (endise Eesti Arhitektuurimuuseumi kogu)
-
SA Viljandi Muuseum (endise Viljandi Muuseumi kogu)
- Nukuteatrimuuseum (osa Sihtasutusest Eesti Noorsooteater, mis on riigi sihtasutus; asutajaõigusi teostab Kultuuriministeerium)
- Sagadi mõisa- ja metsamuuseum (osa Riigimetsa Majandamise Keskusest, mis on Keskkonnaministeeriumi valitsemisalas tegutsev riigitulundusasutus)
- SA Teaduskeskus AHHAA (riigi osalusel asutatud sihtasutus, riigi asutajaõigusi teostab Haridus- ja Teadusministeerium)
- Eesti Panga muuseum
- Eesti Pedagoogika Arhiivmuuseum
- Eesti Rahvusringhäälingu muuseum
- Tallinna Tehnikaülikooli muuseum
- Tallinna Ülikooli muuseum
- Tartu Ülikooli loodusmuuseum ja botaanikaaed
- Tartu Ülikooli muuseum
- Underi ja Tuglase Kirjanduskeskuse muuseumiosakond (Eesti Teaduste Akadeemia asutus)
- Eesti Rahvusraamatukogu videomängude muuseum LVLup!
Muuseume omavad ka kohalikud omavalitsused (43 kohaliku omavalitsuse muuseumi 2024. aasta seisuga) ja eraõiguslikud isikud (18).
Eesti Kirjandusmuuseum ei ole muuseum muuseumiseaduse mõistes, vaid kombinatsioon muuseumist, arhiivist ja raamatukogust, mis on Haridus- ja Teadusministeeriumi hallatav riigi teadus- ja arendusasutus, mis ühtlasi täidab riigi keskse teadusliku mäluasutuse ülesandeid. Ajalooliselt on Eesti Kirjandusmuuseum välja kasvanud Eesti Rahva Muuseumi arhiivraamatukogust ja folkloristika arhiividest.
Viimati uuendatud 19.02.2026